Tak jak w zeszłym sezonie Intermarché Basket Cup zostanie podzielony na trzy etapy. W rozgrywkach Etapu I na szczeblu PLK (rozgrywanego w terminach: 13-14 listopada i 11-12 grudnia) weźmie udział 10 drużyn uczestniczących w Tauron Basket Lidze, z wyłączeniem Stelmetu Zielona Góra i PGE Turowa Zgorzelec.

Drużyny rozegrają jedną rundę systemem mecz i rewanż, przegrywający odpada. W pojedynczych meczach możliwe są remisy. Losowanie par Etapu I (bez rozstawienia i kryterium geograficznego) odbędzie się w dniu 9 października 2013 roku, podczas meczu o Tauron Superpuchar Polski.

Po zakończeniu Etapu I zostanie wyłoniony gospodarz turnieju finałowego Intermarché Basket Cup 2013, który otrzyma prawo gry w turnieju finałowym, bez konieczności uczestnictwa w Etapie II. Jeśli drużyna, która zostanie gospodarzem turnieju finałowego, wywalczyła awans do Etapu II wygrywając rywalizację w Etapie I, wówczas jej miejsce w Etapie II zajmie drużyna, która przegra rywalizację w Etapie I najmniejszą różnicą punktów.

Równolegle do rozgrywek Etapu I na szczeblu PLK rozgrywana będzie faza na szczeblu PZKosz z udziałem drużyn I, II i III ligi. Turniej Final Four na szczeblu PZKosz zostanie rozegrany w dniach 28-29 grudnia 2013.

W Etapie II weźmie udział pięć drużyn z Etapu I na szczeblu PLK (od I rundy), trzy drużyny z Intermarché Basket Cup na szczeblu PZKosz (od I rundy) oraz Stelmet Zielona Góra i PGE Turów Zgorzelec (od II rundy). Losowanie I rundy Etapu II odbędzie się w czwartek 2 stycznia 2014 r. Pojedyncze spotkania rozstaną rozegrane 15 i 16 stycznia 2014.

Zwycięzcy awansują do II rundy. Losowanie par tej rundy oraz turnieju finałowego zaplanowane jest na 17 stycznia 2014 r. Pojedyncze mecze II rundy odbędą się 6 lutego 2014 r.

Turniej finałowy zostanie rozegrany w formule Final Four, z udziałem czterech drużyn: trzech zwycięzców meczów II rundy Etapu II oraz gospodarza turnieju finałowego. Rozegrane zostaną półfinały (sobota 8 lutego 2014 r.) i finał (niedziela 9 lutego 2014 r.).