Początki komunikacji autobusowej w stolicy Kujaw sięgają 1951 roku, kiedy założono w wielobranżowym Miejskim Przedsiębiorstwie Gospodarki Komunalnej wydział komunikacji miejskiej. Wówczas Włocławek zamieszkiwało 52 tys. mieszkańców. Na początku działały dwie linie autobusowe - linia nr 1 kursująca ulicami: Słoneczną, Kapitulną, Wojska Polskiego, Cygankę, Stodólną i Płocką. Linia nr 2 kursowała ulicami: Grodzką, pl. Kopernika, Brzeską, Kaliską i zatrzymywała się na Falbance. Kursowały wtedy 4 autobusy marki Chauson APH. Z biegiem lat miejskie przedsiębiorstwo uruchamiało kolejne linie autobusowe, jak np. linię nr 0 kursującą na trasie pl. Wolności, Kilińskiego, Toruńska, Bulwary, Okrężna, Chopina i pl. Wolności.

W 1959 roku we Włocławku jeździło już 40 autokarów, głównie Stary i Sany. Dwa lata później oddano do użytku warsztaty i zajezdnię przy ul. Rysiej. 1 stycznia 1961 ówczesny zakład przekształcił się w Miejskie Przedsiębiorstwo Komunikacyjne we Włocławku. Liczba mieszkańców miasta w latach 1960 i 1970 wzrastała odpowiednio z 63 tys. do 78 tys. 10 lat później Włocławek zamieszkiwało już ponad 100 tys. mieszkańców. MPK musiało więc dostosować się do tego faktu powiększając swój tabor. Przeważały wówczas marki Autosan i Jelcz. Następnie MPK kupiło pojazdy, które mogły pomieścić jednorazowo większą liczbą pasażerów.

W roku 1982 rozpoczęła się budowa nowej zajezdni autobusowej przy ulicy Kazimierza Wielkiego 12. Na początku lat 90. przedsiębiorstwo wzbogaciło się o nowe autobusy marki Jelcz PR 110 i przegubowe marki Ikarus 280. W 1995 roku przedsiębiorstwo przekształciło się w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, a następnie w spółkę prawa handlowego. W latach 1996-2000 MPK kupiło 46 autobusów wyposażonych w przyjazne środowisku naturalnemu silniki.

Obecnie spółka posiada 74 autobusy, głównie Jelcze i Solaris Urbino, które w ubiegłym roku przejechały na trasie łącznie 4,7 mln km przewożąc prawie 17 mln pasażerów.