Dokładna data i miejsce urodzin Stanisława Zagajewskiego są nieznane. Został znaleziony zimą 1929 roku na stopniach kościoła św. Barbary w Warszawie. Dziecku przypisano imię i nazwisko i wpisano fikcyjną datę i miejsce urodzenia: (Warszawa, 27 września 1927). Dzieciństwo spędził w klasztornych zakładach opiekuńczych. Zarabiał na życie wykonując wiele różnych zawodów: kucharza, ogrodnika, introligatora, krawca, był także stróżem nocnym i konwojentem.

Rzeźbienie w glinie było od najmłodszych lat jego wielką pasją i namiętnością. Sztuki wypalania glinianych form nauczono go w "Cepelii" dla której robił gliniane ptaszki. Dzięki osobistym staraniom prof. Aleksandra Jackowskiego z Instytutu Sztuki PAN, otrzymał we Włocławku niewielki domek, gdzie żył i pracował do końca życia.

Jednym z chyba największych dzieł Stanisława Zagajewskiego był ołtarz "Madonna z Dzieciątkiem" na zamówienie Musee L'Art Brut w Lozannie. Dzieło to składało się z kilkunastu oddzielnych kwater.
Lata 70. były najbardziej płodnym okresem w życiu artysty. Tylko w 1974 roku skończył trzy wielkie ołtarze: "Arma Christi", "Baranek Boży" i "Ojciec Maksymilian Kolbe". Ten ostatni to dzieło wyjątkowe - prawdopodobnie jedyna kompozycja Zagajewskiego podejmująca temat historyczny.

Artysta zmarł 4 kwietnia 2008 roku, w wieku 81 lat. Przyczyną śmierci najprawdopodobniej były powikłania związane z zapaleniem płuc, z którym zmagał się od ponad dwóch tygodni.

W przeddzień rocznicy śmierci prezydent miasta, przedstawiciele ratusza i instytucji kulturalnych zapalili znicze i złożyli wiązanki na grobie Stanisława Zagajewskiego.