Na 22 czerwca 1995 roku datowana jest bowiem decyzja Ministra Edukacji Narodowej nr DNS 3-0145/TBM/133/95 w sprawie powołania, zgodnie z ustawą z dnia 12 września 1990 roku o szkolnictwie wyższym, Wyższej Szkoły Pracy Socjalnej we Włocławku. W 1997 roku Uczelnia zmieniła nazwę na Wyższą Szkołę Humanistyczno-Ekonomiczną we Włocławku. WSHE jest Uczelnią niepubliczną wpisaną do rejestru Ministra Edukacji Narodowej pod pozycją 69. Założycielem jest Włocławskie Towarzystwo Naukowe.

Początki były skromne. Jeden kierunek studiów i zajęcia prowadzone w wynajmowanych pomieszczeniach. Aktualnie Uczelnia posiada uprawnienia do prowadzenia 13 kierunków studiów: administracji, ekonomii, europeistyki, filologii polskiej, filozofii, historii, informatyki, ochrony środowiska, pedagogiki, pielęgniarstwa, położnictwa, socjologii i wychowania fizycznego. Kierunki: filologia polska, ochrona środowiska, pedagogika, administracja oraz ekonomia otrzymały pozytywną ocenę Państwowej Komisji Akredytacyjnej. Natomiast kierunek pielęgniarstwo posiada akredytację Krajowej Rady Akredytacyjnej Szkolnictwa Medycznego. Nad jakością kształcenia na studiach I i II stopnia czuwa znakomita, wysoko kwalifikowana, licząca ponad 200 osób, kadra nauczycieli akademickich. Efekty jej działalności naukowo-badawczej i dydaktycznej widoczne są m.in. w działalności wydawniczej oraz w aktywności Uczelni w międzynarodowych programach edukacyjnych i certyfikacyjnych. WSHE otrzymała Kartę Erasmusa, która umożliwia studentom podjęcie nauki w zagranicznych uczelniach. Mają oni możliwość podjęcia i kontynuowania studia w dowolnym kraju Wspólnoty Europejskiej dzięki Europejskiemu Systemowi Transferu Punktów (ECTS). WSHE współpracuje z 15 zagranicznymi uczelniami, m.in.: z Hiszpanii, Szwecji, Portugalii, Turcji i Rosji.
W dniu 30 marca 2007 r. została podpisana umowa między Wyższą Szkołą Humanistyczno-Ekonomiczną we Włocławku a University of Abertay Dundee (Szkocja). Na mocy tego dokumentu studenci WSHE mają możliwość podjęcia bezpłatnych studiów w szkockiej uczelni. Studenci, których aktualnie jest blisko 4 tys. mogą rozwijać swoje zainteresowania naukowe, kulturalne i sportowe a także realizować się w działalności społecznej. Uczelnia stwarza szereg możliwości, do których m.in. należą: znajdujące się w strukturze każdego Wydziału koła naukowe, Chór Akademicki „Arioso”, Studencki „Teatr Mocnych Wrażeń”, Kabaret „JaiOn”, Uczelniana Rada Samorządu Studenckiego oraz Akademicki Związek Sportowy. Żacy oraz absolwenci mogą korzystać z Biura Karier, za pośrednictwem, którego można zdobywać doświadczenie i wiedzę uczestnicząc w stażach i praktykach studenckich organizowanych przez renomowane firmy. Ponadto Biuro zajmuje się pośrednictwem pracy oraz prowadzi bazę zawierającą dane studentów i absolwentów poszukujących zatrudnienia.
Uczelnia posiada nowoczesną bazę dydaktyczną o łącznej powierzchni ponad 15 tys. m kw. Własne obiekty dydaktyczne to campus zlokalizowany przy ul. Okrzei 94 i 94 A z nowocześnie wyposażonymi salami dydaktycznymi, laboratoriami i pracowniami informatycznymi, w tym specjalnie przygotowanymi dla kształcenia na kierunkach inżynierskich, a także z multimedialną pracownią do nauki języków obcych. Przy pl. Wolności 1 mieści się obiekt dydaktyczny przygotowany dla potrzeb kształcenia na kierunkach pielęgniarstwo, położnictwo i wychowanie fizyczne oraz siedziba liczącej ponad 50 tys. woluminów Biblioteki Głównej WSHE. Przy ul. Piwnej 3 zlokalizowany jest Rektorat i największa sala audytoryjna. Wszystkie obiekty Uczelni zintegrowane są w ramach sieci Intranet dysponującej stałym, szerokopasmowym dostępem do Internetu. Na terenie WSHE istnieje również sieć bezprzewodowa Wirelles Fidelity.
Czesne w Wyższej Szkole Humanistyczno-Ekonomicznej we Włocławku należy do jednych z najniższych w województwie kujawsko-pomorskim już od kilkunastu lat! W WSHE studenci płacą tylko za faktyczny okres nauki, czyli przez 9 miesięcy. W WSHE funkcjonuje system wsparcia finansowego dla studentów, który pozwala obniżyć koszty studiów. W roku akademickim 2007/2008 ponad tysiąc osób, czyli co czwarty student WSHE skorzystał z dostępnej pomocy materialnej. W uczelni każdy student może liczyć na stypendia przyznawane zgodnie z obowiązującymi przepisami Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego: stypendia socjalne, za wyniki w nauce, mieszkaniowe, na wyżywienie, specjalne oraz zapomogi, a także stypendium ministra za osiągnięcia w nauce i stypendium ministra za wybitne osiągnięcia sportowe. Co roku dotacja ministerialna, która wpływa na konta studentów wynosi kilka milionów złotych. Stypendia ministerialne można łączyć, więc student, który spełnia określone warunki może otrzymać z tytułu pomocy materialnej nawet kilkaset złotych miesięcznie!

Wyższa Szkoła Humanistyczno-Ekonomiczna we Włocławku od kilku lat jest najlepszą uczelnią niepubliczną w województwie kujawsko-pomorskim. Potwierdzają to rankingi publikowane przez opiniotwórcze dzienniki i czasopisma.