Prezydent Włocławka na swoje zastępczynie powołał Barbarę Moraczewską i Domicelę Kopaczewską. Jak zapowiadał Marek Wojtkowski obowiązki zastępców zostały podzielone inaczej niż miało to miejsce w poprzedniej kadencji. 

Zgodnie z rozporządzeniem prezydenta Barbarze Moraczewskiej powierzono nadzór nad Urzędem Stanu Cywilnego, Wydziałem Spraw Obywatelskich, Wydziałem Edukacji, Biurem Sportu i Turystyki, Biurem Rewitalizacji, Biurem informatyzacji, a także Wydziałem Gospodarki Miejskiej. Do zastępczyni będzie należało również dokonywanie ocen okresowych pracowników kierujących podległymi komórkami organizacyjnymi urzędu.

Domicela Kopaczewska odpowiada za nadzór i koordynację pracy Wydziału Polityki Społecznej i Zdrowia Publicznego, Wydziału Gospodarowania Mieniem Komunalnym, Wydziału Komunikacji, Wydziału Środowiska oraz Wydziału Geodezji i Kartografii. Zastępczyni jest więc odpowiedzialna między innymi za nadzór nad opracowywaniem programów i strategii miasta w zakresie promocji zdrowia i polityki społecznej oraz politykę mieszkaniową.

Do tej pory nie ma trzeciego zastępcy, który ma być odpowiedzialny za Wydział Rozwoju Miasta, Wydział Urbanistyki i Architektury, Wydział Inwestycji, Biuro Zamówień Publicznych i Centrum Obsługi Inwestora, na tę chwilę nadzór nad tymi jednostkami sprawuje sam Marek Wojtkowski.