Współpraca pomiędzy Miastem a organizacjami pozarządowymi może mieć formę finansową jak i pozafinansową. Współpraca finansowa odbywa się poprzez zlecanie zadań publicznych wskazanych w programie współpracy. Wszelkie zadania publiczne wskazane w dokumencie są planem na rok kolejny. Realizacja zaplanowanych zadań jest jednak ściśle związana z ich ujęciem w budżecie Miasta na rok kolejny (Program współpracy na mocy ustawy musi być uchwalany do 30 listopada roku poprzedzającego jego realizację, czyli znacznie wcześniej niż budżet miasta).

Do współpracy pozafinansowej zaliczyć możemy m.in. wzajemne informowanie się o prowadzonych działaniach, pomoc w przygotowaniu ofert do zadań publicznych organizowanych przez Miasto, promocję organizacji pozarządowych poprzez organizowanie Kampanii 1% zostawiam we Włocławku czy współpraca w ramach zespołów opiniująco-doradczych (jak chociażby Miejska Rada Działalności Pożytku Publicznego) oraz wiele innych działań.

Program współpracy podlega corocznym konsultacjom. Wszystkie zainteresowane organizacje pozarządowe mogły przesyłać swoje uwagi do treści dokumentu.