Mikrorachunek podatkowy służy tylko do wpłat podatku PIT, CIT i VAT. Zwroty nadpłat będą realizowane na dotychczasowych zasadach, czyli np. na ROR podatnika. Podatki inne niż PIT, CIT i VAT również wpłacane będą na dotychczasowych zasadach, czyli na rachunki podatkowe urzędów skarbowych.

Mikrorachunek podatkowy można sprawdzić w generatorze na Portalu Podatkowym podatki.gov.pl lub w dowolnym urzędzie skarbowym. Generator zamieszczony na Portalu Podatkowym działa całodobowo przez wszystkie dni tygodnia. Wygenerowanie i korzystanie z mikrorachunku nie wiąże się z żadnymi opłatami. Wystarczy go sprawdzić w generatorze i wykorzystać podczas przelewu. Uwaga! Numer należy sprawdzać wyłącznie w generatorze na stronie podatki.gov.pl. Nie należy korzystać z żadnych innych stron internetowych lub np. numerów rachunków otrzymanych e-mailem lub SMS-em. Mogą być one próbą wyłudzenia.

Korzyści dla podatników wpłacających PIT, CIT, VAT:
- posiadanie jednego, stałego, indywidualnego rachunku do wpłat podatków PIT, CIT i VAT,  wpłat odsetek za zwłokę powstałych od zaległości podatkowych z tytułu PIT, CIT i VAT oraz wpłat kosztów upomnienia,
- możliwość sprawdzenia przez podatnika numeru swojego mikrorachunku w każdej chwili poprzez wygenerowanie na stronie podatki.gov.pl, np. tuż przed dokonaniem przelewu podatkowego,
- możliwość sprawdzania go wielokrotnie - zawsze wygenerowany będzie ten sam numer mikrorachunku podatkowego, który został nadany dla każdego podatnika       indywidualnie i zawiera m.in. PESEL lub NIP podatnika,
- w przypadku przeprowadzki lub zmiany siedziby firmy podatnik ma cały czas ten sam mikrorachunek podatkowy,
- ograniczenie liczby omyłkowych przelewów na niewłaściwe konto,
- numer indywidualnego rachunku podatkowego nadawany jest każdemu podatnikowi i płatnikowi automatycznie – to znaczy, że nie wymaga składania żadnych wniosków do urzędu.