Przy kontroli prawidłowości orzekania o czasowej niezdolności do pracy lekarze orzecznicy ZUS-u sprawdzają, czy osoba korzystająca z e-ZLA nadal jest chora i niezbędna jest kontynuacja zwolnienia, czy też należy je skrócić. Kontrola ta może odbyć się także w oparciu o dokumentację medyczną, na podstawie której lekarz wystawił zwolnienie. Skuteczność kontroli jest coraz większa m.in. za sprawą pomocnych wskazówek, które trafiają do ZUS. Coraz częściej powodem kontroli prawidłowości wykorzystywania zwolnień lekarskich są anonimowe zgłoszenia.  

Kontrole to nie wszystko. Zakład Ubezpieczeń Społecznych ma również obowiązek obniżyć wysokość świadczeń chorobowych osobom, którym ustał tytuł do ubezpieczenia. Zasiłek czy świadczenie rehabilitacyjne nie może być wtedy wyższe niż przeciętne wynagrodzenie krajowe. W całym kraju z tego powodu obniżono wypłaty o 109,9 mln zł, w regionie o 5,8 mln zł. Łączna kwota obniżonych i cofniętych świadczeń chorobowych od stycznia do września 2023 r. w kraju wyniosła 129 mln 377 tys. zł, w kujawsko-pomorskim ponad 6 mln 700 tys. zł.

Wiele osób nadużywa zwolnień lekarskich, wykorzystując je niezgodnie z zaleceniem lekarskim, np. remontując mieszkanie, wykonując pracę zarobkową czy traktując zwolnienie jak dodatkowy urlop i wyjeżdżając na odpoczynek. Osoby, które niewłaściwie korzystają ze zwolnienia lekarskiego, muszą liczyć się z tym, że stracą prawo do świadczenia chorobowego za cały okres kontrolowanego zwolnienia. W takich sytuacjach ZUS wstrzymuje wypłatę świadczenia, a jeżeli zostało już wypłacone, nakazuje jego zwrot. Natomiast przy kontroli prawidłowości orzekania o czasowej niezdolności do pracy, jeśli okaże się, że osoba sprawdzana przez lekarza orzecznika ZUS jest już zdrowa, to dochodzi do skrócenia zwolnienia lekarskiego. W takiej sytuacji pacjent zachowuje prawo do świadczenia chorobowego tylko do dnia badania.

Sposobów nadużywania zwolnień jest mnóstwo. Najczęściej nieprawidłowości dotyczą osób, które na zwolnieniu lekarskim, zamiast regenerować się- pracują. Wśród osób, które w tym roku musiały zwrócić zasiłek chorobowy, był mężczyzna, który w trakcie zwolnienia lekarskiego wykonywał prace remontowe związane z naprawą dachu. Inny ubezpieczony pomagał przy budowie kurnika. Był również pan, który w trakcie niezdolności do pracy pracował jako DJ dyskotekowy, a inny zbierał plony uprawne z własnego pola. Jeden z przyłapanych podczas niedyspozycji zdrowotnej  prowadził samochód za kolegę, który pracuje w firmie kurierskiej. Zasiłek chorobowy musiał również zwrócić ubezpieczony, który wykonywał usługę na rzecz pracodawcy, z którym ma zawartą umowę o pracę jako kierowca TIR-a. Pewna pani w trakcie zwolnienia poleciała na wakacje do Turcji i z tego powodu straciła zasiłek za cały okres zwolnienia. Przykładem nieprawidłowego wykorzystania zwolnienia lekarskiego był także udział w regatach, pikiecie w urzędzie, czy praca w komisji wyborczej.