Projekt ten znalazł się na zweryfikowanej liście projektów indywidualnych w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007-2013 opublikowanej przez Ministerstwo Rozwoju Regionalnego w dniu 1 lutego 2008 r. Na Liście Podstawowej Priorytetu III – Zarządzanie zasobami i przeciwdziałanie zagrożeniom środowiska, Działania 3.1. Retencjonowanie wody i zapewnienie bezpieczeństwa przeciwpowodziowego projekt znalazł się na pozycji 41.

Głównym celem w/w projektu jest trwałe zabezpieczenie stopnia wodnego we Włocławku, umożliwiające jego dalszą niezagrożoną i swobodną pracę, a tym samym stworzenie lepszych warunków zabezpieczenia przed powodziami doliny Wisły poniżej stopnia.

W ramach tego projektu opracowywana jest, przez Hydroprojekt Sp. z o.o. Warszawa, dokumentacja przygotowawcza dla pięciu wariantów możliwych rozwiązań uwzględniających:
- rozbiórkę stopnia wodnego Włocławek,
- wariant zerowy,
- lokalizację nowego stopnia wodnego w Nieszawie,
- lokalizację nowego stopnia wodnego w innym miejscu niż Nieszawa,
- budowę stałego progu piętrzącego poniżej stopnia wodnego Włocławek.

Decyzja w sprawie wyboru wariantu, który będzie realizowany w ramach Projektu, zostanie podjęta po zakończeniu opracowania dokumentacji.
Obecnie, celem zwiększenia bezpieczeństwa stopnia wodnego wykonano i wykonuje się nieustannie szereg zabiegów remontowych i konserwacyjnych na jazie, śluzie i na dolnym stanowisku. W roku bieżącym planuje się m.in. wykonanie zabezpieczenia przeciwfiltracyjnego zapory czołowej, czyszczenie drenażu, kolejny remont progu stabilizacyjnego, rozpoczęcie działań zwiększających stopień zagęszczenia zapory.