Mutapcić bogate koszykarskie doświadczenie zdobyte na parkiecie wykorzystywał w pracy trenerskiej z drużynami młodzieżowymi od 1993 roku. Cztery lata później powierzono mu funkcję selekcjonera reprezentacji Bośni i Hercegowiny, a w 1998 został asystentem Svietislava Pesicia w Albie Berlin. Po dwóch sezonach nauki od jednego z najlepszych europejskich trenerów był już w stanie samodzielnie poprowadzić najbardziej utytułowany niemiecki zespół. Trzykrotne Mistrzostwo Niemiec (2000, 2001 i 2003) roku były jego wielką zasługą, co doceniono wybierając go najlepszym trenerem Bundesligi. Oprócz tego prowadzona przez niego ekipa dwukrotnie sięgała po Puchar Niemiec (2002r, 2003r).

W 2005 roku Mutapcić objął kadrę Niemiec do lat 20, a także przeniósł się do New Yorker Phantoms Braunschweig. Mimo, żebudżet nie pozwalał mu na walkę o najwyższe trofea, to Bośniak zdołał poukładać go w taki sposób, że co roku zapewniał mu pewne miejsce w Bundeslidze.
Źródło: wtkanwil.com.pl