Obowiązek organizowania regionalnych przewozów autobusowych spoczywa na samorządach terytorialnych. Powinny one zapobiegać powstawaniu patologii w drogowym transporcie osób (np. przepełnionym lub niezagospodarowanym trasom, autobusom w złym stanie technicznym, nierealistycznym rozkładom jazdy). Żaden z kontrolowanych przez NIK urzędów nie poradził sobie z tym zadaniem.

Samorządy wydawały zezwolenia na przewóz pasażerów bez dokonania stosownej analizy rynkowej. Między firmami dochodziło do morderczej konkurencji, która wykluczyła z rynku wielu rzetelnych przewoźników. Ci, którzy przejęli trasy, nie zawsze zapewniali pasażerom odpowiedni komfort i bezpieczeństwo. NIK wskazuje, że samorządy przy wydawaniu firmom licencji i zezwoleń nie zwracały uwagi na brak podstawowych dokumentów, dotyczących zabezpieczeń finansowych czy stanu technicznego pojazdów. Nie weryfikowane były również załączane do wniosków rozkłady jazdy. W rezultacie akceptowano nawet takie, które wymuszały na kierowcach kursowanie z prędkością wyższą niż dozwolona.

Samorządy nie kontrolowały przedsiębiorców zajmujących się przewozami pasażerskimi, a gdy takie kontrole już przeprowadzano, były one pobieżne. Ponad połowa powiatowych samorządów nie eliminowała z rynku przewoźników działających w sposób nieuczciwy. Nawet po otrzymaniu od organów kontroli ruchu drogowego informacji o poważnym naruszeniu warunków licencji, przewoźnikowi nie cofano uprawnień.

Występujące w samorządach nieprawidłowości, omijanie procedur oraz brak rzetelnego nadzoru nad przewoźnikami wpływały na poziom świadczonych przez nich usług. Inspekcja Transportu Drogowego (ITD), która w ramach kontroli współpracowała z NIK, natknęła się na przypadki wykonywania przewozów pojazdami, które nie były autobusami. Z kolei część kursujących autobusów nie spełniała wymogów technicznych. Przewozy bywały niezgodne z rozkładem jazdy lub odbywały się nawet bez niego. Niektórzy przewoźnicy świadczyli usługi bez zezwolenia lub licencji. Nie brakowało sytuacji, w których pobierano od pasażerów nienależne opłaty. Skrajnym przypadkiem były stwierdzone przez ITD przewozy pojazdami znajdującymi się w tak złym stanie technicznym, że konieczne było zatrzymanie ich dowodów rejestracyjnych. Dotyczyło to co dziesiątego autobusu.

Prawie żaden z samorządów nie egzekwował od przewoźników obowiązku aktualizowania rozkładów jazdy. Nie aktualizowano ich zarówno na przystankach, jak i w samych urzędach. W wyniku tego pasażerowie byli pozbawieni rzetelnej informacji, zaś urząd informacji niezbędnej do analizy sytuacji na rynku przewozowym, koniecznej np. do podjęcia decyzji o uruchomieniu nowej linii.

W 75 proc. urzędów marszałkowskich popełniano błędy w rozliczeniach związanych z ustawowymi ulgami do biletów. Na skutek wadliwych kontroli lub ich braku dopłaty przekazywano przewoźnikom, którzy nie spełniali warunków określonych w przepisach.

W ocenie NIK większość samorządów nie była przygotowana do organizowania regionalnych przejazdów autobusowych. Odpowiedzialni pracownicy albo nie byli przygotowani merytorycznie, albo byli przeciążeni innymi obowiązkami. Zdarzało się, że na jednego urzędnika przypadało do skontrolowania kilkaset jednostek zajmujących się transportem osobowym, bagażowym, szkołami nauki jazdy czy stacjami kontroli pojazdów. Pomimo trudności organizacyjnych samorządy nie korzystały z możliwości powierzenia niektórych zadań specjalistycznym firmom zewnętrznym.