Autorzy ekspozycji, poprzez współczesny język dźwięku, obrazu i światła oraz interaktywnych multimediów, chcą w nowoczesny sposób przekazać światu, a zwłaszcza młodym, wartości, które głosił ksiądz Popiełuszko.

Dwie sale muzeum są połączeniem kina, telewizji, elementów animacji oraz innych efektów wizualnych i dźwiękowych. Zwiedzający obejrzą filmy, inscenizacje oraz materiały archiwalne, po których oprowadzi wirtualny przewodnik. Trzecie pomieszczenie to sala interaktywna gdzie można przeglądać zasoby muzeum na multimedialnych stanowiskach.

Włocławskie muzeum powstało w ramach projektu „Szlak męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki” realizowanego z udziałem środków z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko-Pomorskiego. Realizatorem przedsięwzięcia jest samorząd województwa kujawsko-pomorskiego w partnerstwie z parafią Świętych Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy, Kurią Generalną Zgromadzenia św. Michała Archanioła oraz Zgromadzeniem Braci Pocieszycieli z Getsemani we Włocławku.

Ksiądz Popiełuszko, kapłan środowisk opozycyjnych i robotniczych związanych z podziemną Solidarnością, został zamordowany przez peerelowską policję polityczną w październiku 1984 roku. Trasa jego męczeńskiej ostatniej drogi wiodła z Bydgoszczy przez Górsk i Toruń do Włocławka. Krótko potem w Polsce rozwinął się kult jego postaci. Przypomnijmy, że zmarła w 2013 roku matka błogosławionego Marianna Popiełuszko była honorową obywatelką regionu.