Do realizowanych programów z udziałem Województwa Kujawsko – Pomorskiego nalezą m.in. „Bezpieczna+”, „Aktywna tablica”, „Narodowy program rozwoju czytelnictwa” oraz „Wyposażenie gabinetów profilaktyki zdrowotnej”.

W porozumieniu z Ministerstwem Edukacji Narodowej od 2017 roku realizowany jest program „za życiem” w ośrodku koordynacyjno-rehabilitacyjno – opiekuńczym powstałym w Zespole Szkół Nr 3.

Spośród projektów unijnych realizowane są m.in. „Szkoła zawodowców”, „Włocławek zawodowo”, „Czym skorupka za młodu – uczniowie z 13 szkół kształcenia podstawowego z Włocławka podnoszą swoje kompetencje”, w czasie których włocławskie placówki doposażanie są również w pomoce dydaktyczne podnoszące jakość edukacji.