Koncepcja i organizacja opieki zdrowotnej nad dziećmi i młodzieżą w wieku szkolnym zmieniały się na przestrzeni lat. Najpoważniejsza reorganizacja nastąpiła w 1999 r., gdy wprowadzono instytucję lekarza rodzinnego, opiekującego się całą rodziną, w tym również dzieckiem. Miało to zapewnić ciągłość opieki sprawowanej przez jednego lekarza. Zrezygnowano wówczas z opieki lekarskiej i dentystycznej w szkołach. Funkcjonujący system opieki zdrowotnej nad uczniami, szczególnie w zakresie profilaktyki, nie gwarantuje bezpieczeństwa zdrowotnego tej populacji. Świadczy o tym zwiększająca się liczba dzieci i młodzieży z problemami zdrowotnymi.

Zdaniem NIK niewystarczająca jest liczba personelu medycznego opiekującego się dziećmi i młodzieżą w wieku szkolnym. Utrudnia to zapewnienie równego dostępu do leczenia oraz wydłuża czas oczekiwania na nie. Co prawda liczba lekarzy podstawowej opieki zdrowotnej (POZ) w 2016 r. zwiększyła się w porównaniu do 2015 r. o 9 proc., o 9,5 proc.  wzrosła liczba pielęgniarek i o 17 proc. lekarzy dentystów, ale sposób organizacji opieki nieefektywnie wykorzystuje istniejące zasoby finansowe i osobowe. Nadal występują duże dysproporcje w liczbie lekarzy w rozkładzie terytorialnym.

Problemem jest także rozproszenie opieki zdrowotnej nad uczniami. Jest ona sprawowana przez różne podmioty, które często nie współpracują ze sobą. Na przykład brak było przepływu informacji pomiędzy lekarzem POZ, a pielęgniarką lub higienistką szkolną  m.in. w zakresie wykonanych badań bilansowych, obowiązkowych szczepień ochronnych oraz testów przesiewowych. Sytuacja taka uniemożliwia zapewnienie spójnej i kompleksowej opieki nad uczniem. W ocenie NIK, konieczne jest opracowanie i wdrożenie systemu pozwalającego na rzetelną i efektywną współpracę między lekarzem POZ, pielęgniarką lub higienistką szkolną oraz lekarzem dentystą. Do tego niezbędna jest także, niewystarczająca obecnie, współpraca lekarza i pielęgniarki z rodzicami w trosce o zdrowie ich dzieci.

Izba zwraca uwagę, że nie ma także spójnego systemu monitorowania i nadzoru nad sposobem sprawowania opieki nad dziećmi i młodzieżą, jej efektami, dostępnością świadczeń gwarantowanych oraz jakością usług zdrowotnych. Bez tego nie można przeprowadzić rzetelnej analizy i udoskonalić systemu. W ocenie NIK system nadzoru powinien w szczególny sposób uwzględniać realizację profilaktycznej opieki zdrowotnej w podstawowej opiece zdrowotnej przez lekarzy rodzinnych, pielęgniarki i pielęgniarki/higienistki szkolne oraz przez dentystów w leczeniu stomatologicznym. Zdaniem Izby system pozyskiwania danych z badań bilansowych przeprowadzanych przez lekarzy POZ i badań przesiewowych prowadzonych przez pielęgniarki nie zapewnia pełnego i spójnego monitorowania oraz nadzoru nad prowadzeniem profilaktycznej opieki nad dziećmi i młodzieżą  w wieku szkolnym.