75% zakresu rzeczowego projektu, stanowią inwestycje w infrastrukturę kanalizacyjną. Obejmują między innymi; rozbudowę i modernizację sieci kanalizacyjnej, restrukturyzację przepompowni ścieków, dostawę samochodów specjalistycznych do czyszczenia i konserwacji sieci oraz rozszerzenie telewizyjnej inspekcji kanałów.

Miejskie Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji wybudowało w ramach Projektu POIiŚ około 3,6 km sieci sanitarnej wraz z czterema tłoczniami ścieków oraz zmodernizowało 31 km systemu kanalizacyjnego na terenie pięciu dzielnic Włocławka. Spółka MPWiK poprawiła, także efektywność infrastruktury kanalizacyjnej w rejonie Al. Jana Pawła II i ulicy Skrajnej, jak również przeprowadziła restrukturyzację dziewięciu przepompowni ścieków z rurociągami tłocznymi w ulicach: Łabędzia, Łosia, Brzezinowa, Bluszczowa, Cisowa, Mielęcińska, Żwirowa, Płocka oraz Bobrownicka.

Przedsiębiorstwo zainwestowało także w nowoczesne rozwiązania, które zdecydowanie poprawią jakość wykonywanej pracy. Włocławskie wodociągi zakupiły specjalistyczne auta przystosowane do ciśnieniowego czyszczenia sieci sanitarnej oraz system do telewizyjnej inspekcji kanałów.

Obecnie MPWiK prowadzi modernizację sieci kanalizacji sanitarnych wraz z renowacją studni kanalizacyjnych w ramach zadania pn. „Renowacja sieci kanalizacyjnej w aglomeracji m. Włocławek – cz. 5”. Łączna długość kanałów sanitarnych przewidzianych do renowacji i przebudowy wynosi około 6,8 k. Dotychczas Spółka w ramach zadania przeprowadziła renowację kanałów sanitarnych o długości 3 km w ulicach: Zbiegniewskiej, Żurawiej, Dojazdowej, Topolowej, Chocimskiej, Mickiewicza, Sasankowej i Mielęcińskiej.  Obecnie kontynuowane są prace instalacyjne na kolejnych odcinkach kanałów sanitarnych w ul. Zbiegniewskiej. Prowadzone, są także prace związane z opracowaniem dokumentacji projektowo-technicznej, dotyczącej infrastruktury kanalizacyjnej planowanej do modernizacji w II kwartale 2022 r. Zakończenie zadania planowane jest w lipcu 2022 r.