Spichlerz został zbudowany z inicjatywy Józefa Orpiszewskiego, właściciela Kłóbki w latach 1822–1830. Budynek wzniesiony w stylu klasycystycznym był jednym z najokazalszych i najładniejszych obiektów tego typu na Kujawach. W 1945 r. spichlerz wraz z dworem i innymi zabudowaniami folwarcznymi w Kłóbce został przejęty przez Skarb Państwa. W latach 60. XX w. częściowo zniszczony budynek przebudowano, pozbawiając go cech stylowych. W 2013 r. zrujnowany spichlerz zakupiło Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku, które przywróciło mu jego pierwotną formę.

Obecnie w części parterowej spichlerza trwają prace przy urządzaniu ekspozycji stałej „Gospodarka i rolnictwo na dawnej wsi kujawskiej i dobrzyńskiej”. Natomiast obszerne poddasze jest adaptowane do funkcji edukacyjnych i audytoryjnych jako miejsce organizacji lekcji i warsztatów muzealnych oraz kameralnych imprez kulturalnych.

W czerwcu 2022 r. dwustuletni budynek zostanie udostępniony do zwiedzania jako kolejny obiekt Kujawsko-Dobrzyńskiego Parku Etnograficznego w Kłóbce.