W przypadku konieczności jakiegokolwiek odstępstwa od zakresu robót określonego w specyfikacji istotnych warunków zamówienia ustalenia uzgadniane są wyłącznie w formie pisemnej w następującym trybie - inspektor nadzoru, w uzgodnieniu z kierownikiem budowy, sporządza protokół konieczności w sprawie robót zaniechanych, zamiennych lub dodatkowych. Następnie protokół jest przedstawiony do akceptacji Kierownikowi Referatu Realizacji i Nadzoru Inwestycyjnego i Naczelnikowi Wydziału Inwestycji i Zamówień Publicznych oraz do zatwierdzenia Zastępcy Prezydenta ds. rozwoju i inwestycji.

Zależnie od treści protokołu sporządzany jest aneks do umowy lub umowa na roboty dodatkowe. Podstawą określenia wartości robót zaniechanych, zamiennych i prac dodatkowych są kosztorysy złożone przez wykonawcę przed podpisaniem umowy oraz kosztorysy na roboty dodatkowe sprawdzone i zatwierdzone przez inspektora nadzoru. Każdy element robót podlegających zakryciu jest uprzednio odbierany przez inspektora nadzoru i potwierdzany wpisem do dziennika budowy. Zakres wykonywanych robót i jego kompletność sprawdzana jest i potwierdzana przez inspektora nadzoru. Prawidłowość realizacji zadań określonych powyżej jest na bieżąco sprawdzana przez Kierownika Referatu Realizacji i Nadzoru Inwestycyjnego.

Zgodność wykonania zadania inwestycyjnego z warunkami umowy weryfikowana jest i potwierdzana przez Kierownika Referatu Realizacji i Nadzoru Inwestycyjnego w protokole odbioru końcowego zadania. Wszystkie ww. elementy są poddawane wyrywkowej kontroli przez Naczelnika Wydziału Inwestycji i Zamówień Publicznych. W przypadku robót drogowych zadania określone dla Kierownika Referatu Realizacji i Nadzoru Inwestycyjnego oraz Naczelnika Wydziału Inwestycji i Zamówień Publicznych wykonuje Dyrektor Miejskiego Zarządu Dróg. Przedmiotowe zarządzenie określa tryb postępowania, który pozwoli zapobiec występowaniu nieprawidłowości.