W pierwszej, regionalnej rundzie rozgrywek o Puchar Polski będą w tym sezonie występować tylko zespoły Tauron Basket Ligi, czyli dwanaście drużyn z wyłączeniem Asseco Prokomu Gdynia i PGE Turowa Zgorzelec, grających w europejskich pucharach. Podzielone na cztery grupy po trzy zespoły według klucza regionalnego, kluby rozegrają mecze w systemie każdy z każdym (mecz i rewanż), czyli każdy zagra w tej rundzie po 4 mecze (od 16 listopada do 20 grudnia).

Grupa A: AZS Politechnika Warszawska, ŁKS Łódź, Siarka Tarnobrzeg

Grupa B: PBG Basket Poznań, WKS Śląsk Wrocław, Zastal Zielona Góra

Grupa C: AZS Koszalin, Energa Czarni Słupsk, Kotwica Kołobrzeg

Grupa D: Anwil Włocławek, Polpharma Starogard Gdański, Trefl Sopot

Do drugiego etapu wchodzą wszyscy uczestnicy pierwszej rundy klasyfikowane w rankingu na pozycjach 1-12 według kolejno: miejsca w tabeli, grupy Rundy Regionalnej, liczby zdobytych punktów meczowych, stosunku punktów koszowych oraz kolejnych kryteriów przewidzianych w Oficjalnych Przepisach Gry w Koszykówkę. 18 stycznia koszykarze rozegrają jeden mecz (gospodarzem będzie drużyna wyżej sklasyfikowana w rankingu) według klucza znanego z play-offs, czyli pierwszy z ostatnim, drugi z przedostanim itd.  Zwycięzcy tych spotkań awansują do turnieju finałowego.

Turniej finałowy (16-19 lutego)zostanie rozegrany w formule Final Eight, z udziałem ośmiu drużyn - sześciu zwycięzców meczów Rundy Eliminacyjnej oraz Asseco Prokomu Gdynia i PGE Turowa Zgorzelec. Rozegrane zostaną ćwierćfinały (czwartek i piątek), półfinały (sobota) i finał (niedziela), przy założeniu, że przegrywający zespół odpada z rywalizacji i kończy udział w Pucharze Polski.

Turniej finałowy Pucharu Polski:
16 lutego 2012 (czwartek) - dwa mecze ćwierćfinałowe
17 lutego 2012 (piątek) - dwa mecze ćwierćfinałowe
18 lutego 2012 (sobota) - dwa mecze półfinałowe
19 lutego 2012 (niedziela) - finał