Z drugiej strony większość zadań realizowana była z opóźnieniami, samorządy nie umiały w pełni wykorzystać własnych środków i zdarzało się, że traciły unijne dofinansowanie. Warszawa, Lublin i Poznań straciły w ten sposób łącznie 25 mln złotych.

W skontrolowanym okresie zakończono budowę 110 km dróg oraz modernizację dalszych 346 km, tj. łącznie o 25,8 proc. więcej niż w latach 2004-2007. Najwięcej nowych i zmodernizowanych dróg przybyło w Warszawie - 128,9 km. Wydatki na inwestycje drogowe w latach 2008 - 2011 (I poł.) wyniosły łącznie 6,5 mld zł, tj. o ok. 30 proc. więcej niż w latach 2004-2007. Najwięcej środków unijnych na realizację inwestycji drogowych pozyskała Warszawa (354,5 mln zł) i Kraków (133,2 mln zł).

Większość inwestycji była dobrze przygotowana. Miasta zapewniły środki na pokrycie wszystkich z 24 skontrolowanych przedsięwzięć. Dla 14 zadań uzyskały dofinansowanie z Unii Europejskiej (łącznie do kwoty ok. 930 mln zł), a dla pięciu - z budżetu państwa (w łącznej kwocie 48 mln zł).

Niektóre miasta utraciły szansę na otrzymanie dodatkowych środków ze względu na niewłaściwe przygotowanie inwestycji lub błędnie opracowane wnioski o pomoc finansową. Przykładem jest Kraków, gdzie 2 z 13 wniosków o dofinansowanie z UE odrzucono, ponieważ miasto nie przygotowało projektów budowlanych ani nie uzyskało pozwoleń na budowę. Natomiast Warszawa, Lublin i Poznań utraciły dofinansowanie z UE w łącznej kwocie ok. 25 mln zł. Powodem były nieprawidłowości przy udzielaniu zamówień publicznych i wykonaniu umów o realizację robót czy dofinansowanie inwestycji.

W Gdańsku, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu szwankowało planowanie inwestycji - zasady opracowywania wieloletnich planów inwestycyjnych (WPI) były tam nieprzejrzyste. Plany wydatków wielokrotnie zmieniano, często nie realizując ich w pełni. Zdarzało się, że miasta rezygnowały z zaplanowanych inwestycji. Najczęściej działo się tak z powodu braku środków czy przyjmowania nowych zadań inwestycyjnych. Tak było we Wrocławiu, który w związku z Euro 2012 musiał zaplanować 19 nowych przedsięwzięć.

W przypadku prawie wszystkich skontrolowanych inwestycji dokumentacja projektowa była sporządzana z opóźnieniem, niekiedy kilkuletnim. Inwestorzy zgadzali się na wnioskowane przez wykonawców kilkakrotne przekładanie terminu opracowania dokumentacji, często nie wnikając w zasadność wniosku i nie naliczając należnych kar umownych. Np. w Warszawie przy budowie węzła Łopuszańska-Kleszczowa termin wykonania dokumentacji przesuwano 15-krotnie. Jednocześnie inwestor, Zarząd Miejskich Inwestycji Drogowych (ZMiD), wykazał się niekonsekwencją i nierzetelnością. Najpierw ustalił termin wykonania dokumentacji na 30 listopada 2008 roku. Następnie w styczniu 2009 r. ZMiD naliczył projektantowi za opóźnienie karę umowną w wysokości ponad 280 tys. zł, po czym w kolejnych aneksach do umowy wydłużał termin sporządzenia dokumentacji. Ostatecznie projektant uniknął kary za zwłokę.

Poza opóźnieniami w sporządzaniu dokumentacji projektowej zdarzały się też przypadki jej niedopracowania pod względem potrzeb komunikacyjnych mieszkańców. Tak było np. w Gdańsku, gdzie zaprojektowano rondo, nie zapewniając jego odpowiedniej przepustowości, czy w Lublinie, gdzie w projekcie pominięto budowę ważnego skrzyżowania. W toku inwestycji niedociągnięcia skorygowano.

Z jednej strony cieszą postępy w budowie i modernizacji polskich dróg. Z drugiej strony martwią nieprawidłowości pojawiające się na każdym etapie realizacji inwestycji - od planowania poprzez przygotowanie aż do wykonawstwa i odbioru robót - widoczny był brak przejrzystych procedur i rozwiązań, a te, które istniały, nie zawsze były przestrzegane. Zdaniem NIK świadczy to o słabości kontroli zarządczej i kulejącym monitoringu zadań inwestycyjnych. Bez tych narzędzi efektywna realizacja przedsięwzięć będzie niemożliwa. Konieczne jest precyzyjne planowanie wydatków, zwłaszcza w sytuacji ograniczonych środków na finansowanie inwestycji. Dobrą praktyką według NIK jest też sporządzanie analizy ekonomiczno-społecznej i oszacowanie ryzyk na etapie planowania inwestycji, co pomoże uniknąć przykrych niespodzianek na późniejszych etapach realizacji zadań.