Reforma administracyjna państwa z 1938 r. wiązała się z realizacją idei "Wielkiego Pomorza", służącej przełamywaniu barier związanymi z granicami zaborów i obaleniu stereotypów oraz różnic mentalnościowych pomiędzy wspólnotami etnograficznymi i regionami historycznymi.

W latach 1937-1938 zabiegał o budowę Muzeum Ziemi Pomorskiej - instytucji planowanej jako czołowa placówka muzealna na Pomorzu. Zdołano nawet wybudować gmach muzeum – obecnie stanowiący siedzibę Wydziału Matematyki i Informatyki UMK przy ul. Fryderyka Chopina w Toruniu.

Od 1934 roku pełnił obowiązki prezesa Światowego Związku Polaków z Zagranicy. W okresie międzywojennym zasiadał też w składzie Kapituły Orderu Odrodzenia Polski.

12 września 1939 rząd powierzył mu misję zorganizowania w Stanach Zjednoczonych Ameryki Północnej pomocy tamtejszej Polonii dla ludności okupowanego kraju. 17 września 1939 r. przekroczył granicę rumuńską w Kutach. 27 września znalazł się w Paryżu.

Tam, 30 września, na podstawie artykułu 13 i 24 Konstytucji kwietniowej z 1935 r., został mianowany następcą, internowanego w Rumunii, prezydenta Ignacego Mościckiego. Na początku pełnienia tego urzędu zrezygnował z części uprawnień prezydenckich na rzecz premiera rządu, Władysława Sikorskiego (tzw. umowa paryska).

Na początku grudnia 1939 r., wraz z całym rządem, przeniósł się do Angers. Następnie, w czerwcu 1940 r., tuż przed kapitulacją Francji, na pokładzie krążownika Royal Navy, wraz z rządem, udał się do Wielkiej Brytanii. 18 grudnia 1942 roku, po przybyciu z kraju kuriera - Jana Karskiego, napisał dramatyczny list do papieża Piusa XII, prosząc go by wziął w obronę mordowanych Polaków i Żydów.

Zmarł 6 czerwca 1947 roku w Ruthin w Walii, na białaczkę. Początki choroby rozpoznano u niego już w 1939 r. Pochowany został na Cmentarzu Lotników Polskich w Newark w Wielkiej Brytanii.